卵巢巧克力囊有虽不是肿瘤，但由于有痛经亦影响生育，患者常常很痛苦，故一旦怀疑卵巢巧克力囊肿，宜尽早就医药物治疗及手术。
卵巢肿瘤分良性与恶性，良性肿瘤通常表现为单侧囊肿、活动、表面光、生长缓慢。恶性肿瘤表现为双侧性或单侧性，实性或囊实性，表面高低不平，但有时良恶性肿瘤在临床上很难区分，需要手术后经病理检查才能朂后区分，所以一旦怀疑为肿瘤宜尽早手术。
治疗卵巢囊肿的方法有很多，很多担心手术有风险的女性朋友希望不开刀治疗卵巢囊肿。而妇科临床验证：不开刀治疗卵巢囊肿的保守治疗效果不佳。
治疗卵巢囊肿的方法有很多
1、期待治疗
不使用任何药物和任何治疗方式。仅仅是每3个月进行一次妇科检查、B超检查。寄希望于通过年龄的逐步增大、性激素水平的日益下降，被动的期待囊肿自己萎缩，该方法极易导致囊肿的迅速增大、破裂、恶化卵巢癌。
2、药物治疗
中药和西药治疗。中药汤剂、中成药等来调节内分泌和体内微循环。
