1.遗传
据国外文献统计，溃疡性结肠炎患者的直系亲属中，15%～30%的人发病。此外双胞胎的研究表明，单合子比双合子更容易发病，提示本病的发生可能与遗传因素有关。
2.自身免疫反应
多数学者认为本病属于自身免疫性疾病。因为本病并发自身免疫病者较多，肾上腺皮质激素能使病情缓解，在部分患者的血清中可查到抗结肠上皮细胞抗体。某些患者感染肠道菌后，可与结肠上皮细胞抗原起免疫反应，因此怀疑结肠炎的发生可能与细胞免疫异常有关。
3.神经精神因素
有人认为精神因素在发病中起一定作用，患者多有某些性格特征，对于生活中重大事件的心理承受能力和适应性差，属心身疾病一类。
