急性肾盂肾炎所发生的致病菌是不同的，多为大肠杆菌(80%)感染所致，约15%由肠杆菌科的其他细菌引起，仅约5%为粪链球菌等球菌所引起，临床上，应根据不同的病情制定不同的治疗方案。
首先，要收集尿液做尿沉渣涂片、细菌培养和抗生素敏感试验。急性肾盂肾炎病情较急，需要及时处理。在细菌培养未明确之前，根据尿涂片染色结果，采用毒性小的广谱抗菌素治疗。
如为革兰氏阳性球菌，可万古霉素、广谱青霉素;革兰氏阴性杆菌，可头孢菌素、氨基甙类抗生素或给予复方新诺明、喹诺酮类等药物。治疗至少维持两周。此时何种抗菌素，全凭医生经验决定。复方新诺明对尿路感染的疗效并不逊于氨基甙类抗生素、氨苄青霉素和第二、三代头孢菌素等抗生素，并有下列优点。
①对大多数尿路感染的致病菌有效，尿内和血内药物浓度均高。
②使用后极少发生耐药菌株。
③除个别发生过敏外，罕见发生严重副作用。
④肾毒性低，在肾功能不全者仍可使用，不会增加肾功能损害，而且在肾患者的血和尿中仍能保持药物有效的杀菌浓度。
⑤可分泌于阴道液中，抑制阴道前庭和尿道口周围的细菌，因而减少尿路感染的再发机会。
SMZ配合TMP其杀菌力可增加几倍;加用碳酸氢钠，不仅可碱化尿液，加强SMZ的疗效，且可防止长期用SMZ后可能发生尿的磺胺药物结晶。
另外，抗菌药物应持续到体温正常、全身症状消失、细菌培养阴性后两周。否则容易复发，又需要4～6周的治疗，才能治愈。大多数上尿路感染的复发是由于治疗不，所以有人主张行CT扫描，观察病灶吸收情况，监测治疗效果。肾功能不全者，应慎重肾毒性抗生素如氨基甙类等，而多使用肾毒性较小的抗生素。
