由于目前的科技水平有限，因此小儿系统性红斑狼疮的确切的病因以及发病的机制目前还无法弄清楚，只能根据其症状和表现等确定一些病因。
发病似与多种因素有关，包括遗传因素、免疫、性激素和环境因素(包括感染、紫外线辐射、药物)等。其是在遗传易感素质的基础上，外界环境作用激发机体免疫功能紊乱及免疫调节障碍而引起的自身免疫性疾病。遗传因素方面，已有资料表明，SLE发病与HLAⅡ类基因DR、DQ位点的多态性相关。
有红斑狼疮素质的人，特别是女性，受到外界的诱因，如紫外线、药物、感染等刺激，引起体内一系列免疫紊乱，导致发病。患儿细胞免疫功能低下，T-B淋巴细胞之间，T淋巴细胞亚群之间平衡失调，T细胞完全值减少及T抑制细胞减少，致使B细胞功能亢进，自发产生大量自身抗体。由于抗淋巴细胞抗体的产生，引起淋巴细胞减少，抗淋巴细胞抗体与神经元组织交叉反应，可引起中枢神经系统病变。
大多数的自身的抗体和抗原相互结合之后会形成抗原抗体的复合物从而沉积在皮肤表面的血管壁上、表皮和肾小球血管壁、真皮连接处以及其他一些组织受累，从而造成多种脏器不同程度的损害，情况比较严重。
